Une introduction à la nomenclature binominale

On le sait, chaque espèce (botanique, animale, fongique, etc.) est désignée par une combinaison de deux mots latins (ou latinisés) : le premier désigne le genre et le second désigne l’espèce.
Quelles sont les origines de cette nomenclature ? Quel rôle joua Linné dans son développement ? Quels en sont les grands principes (que vous devrez respecter au cas où vous découvririez une nouvelle espèce) ?
Pour le savoir, lisez vite ce billet !


Des origines antiques

Si on se limite à l’histoire européenne, les premières dénominations de plantes se trouvent dans les œuvres d’Homère et d’Hésiode (8e siècle avant notre ère), puis
dans celles de Sophocle, d’Hérodote, etc. 3

Un seul nom suffisait alors car les gens ne s’intéressaient qu’aux espèces pouvant avoir une quelconque utilité pour eux :  les plantes comestibles, médicinales ou toxiques.

Les Aconits sont des plantes très toxiques,
nommées akoniton par les anciens Grecs.
Selon Théophraste, la plante croissait autour d’une grotte
située près de la localité d’Akone.
Ici, l’Aconit tue-loup (Aconitum lycoctonum)


Théophraste, le Père de la botanique

Le premier traité de botanique, Peri phyton historias (Historia Plantarum en latin), fut écrit vers 300 avant notre ère par Théophraste, un disciple d’Aristote, que Linné lui-même avait baptisé le Père de la Botanique 12

Historia Plantarum,
Frontispice de l’édition en latin de 1644, publiée à Amsterdam

Dans les 9 livres qui constituent son traité, il nomma et décrivit plus de 500 espèces de plantes, et les regroupa sommairement selon l’usage populaire : arbres, arbustes, arbrisseaux et herbes.

Le traité de Théophraste contient les premiers exemples connus d’appellations binominales.

À son époque, beaucoup de plantes sauvages (celles qui n’avaient pas d’usages connus) ne possédaient aucune dénomination. Il chercha alors des analogies avec d’autres espèces déjà baptisées, et regroupa sous un nom générique toutes les formes végétales présentant un ensemble de caractères communs. Ensuite, afin de les différencier, Théophraste accola au terme générique un mot complémentaire, une épithète indiquant un caractère typique de la plante.

Son traité comprend environ 61% d’appellations uninominales et 26% de binominales tandis qu’environ 13% des plantes demeurent anonymes 15

Avertissement nécessaire !

Est-ce Théophraste qui eut le premier l’idée d’employer des binoms ?
Ou se contenta-t-il d’entériner une pratique en vigueur parmi les herboristes grecs ?

On ne le sait pas…

Voici ce que Théophraste raconte à propos des saules  :

« Le Saule [Itea] aussi est une plante aquatique et il en est de plusieurs sortes, celle
nommée noire [melas] a l’écorce noire ou rougeâtre. La blanche a l’écorce blanche [leukos]… » 4

Les Grecs se servaient d’épithètes pour préciser la couleur (melas, leukos), l’origine géographique (hellênicos …) ou le milieu (telmateios pour les lieux marécageux, …). Epigeios indiquait une plante qui s’étale 14

Le Lierre terrestre (Glechoma hederacea) était appelé Chamaecissos epigeios par les Grecs.

Souvent la taille permettait de distinguer les espèces entre elles : meizon (plus grand) s’opposait à micron (petit). Les feuilles servaient également à différencier les plantes :  platyphyllos était souvent utilisé pour celles qui portaient de grandes feuilles, trachys quand les feuilles étaient rudes.

Arnoglôsson meizon
désignait le Grand plantain (Plantago major)


Dioscoride et Pline l’Ancien

Plus de trois siècles et demi plus tard, c’est un autre médecin et botaniste grec, Dioscoride, qui poursuivit l’oeuvre de Théophraste dans son livre Peri hulēs iatrikēs (De materia medica en latin), publié entre 50 et 70. Il augmenta le nombre de plantes décrites à plus de 700, et éleva la proportion de binoms à environ 29 % du total des espèces mentionnées 5

À la même époque, c’est à Rome que Pline l’Ancien rédigeait son encyclopédie, Naturalis Historia, qui fut publiée vers 77. Ce sont les volumes 4 à 7 qui renferment les données sur les plantes.

L’Histoire naturelle de Pline est remarquable par le pourcentage d’appellations binominales qui atteint environ 62 % 6

Il compila surtout les ouvrages grecs, mais décrivit cependant pour la première fois plus de 300 nouvelles espèces, la plupart poussant en Italie. Pour les plantes déjà connues, Pline reprit les appellations grecques telles quelles, ou bien les traduisit en latin. Il indiqua également, chaque fois que c’était possible, le nom de la personne qui avait découvert ou nommé la plante, une pratique qui sera reprise par les botanistes modernes.

Vulpins des prés (Alopecurus pratensis)
Pline reprit le nom grec (alôpekouros « queue de renard »)
mais latinisa la terminaison (os devint us)

Les botanistes de l’Antiquité eurent donc l’idée de grouper certaines plantes d’après leur ressemblance, donnant ainsi naissance au concept de genre, et utilisèrent des appellations binominales pour les désigner.

Mais bien qu’ils eurent les notions du genre et de l’espèce, ils ne les formulèrent jamais d’une manière explicite.


La Renaissance

Plus rien ne changea vraiment pendant les 1 500 années qui suivirent. Le De materia medica de Dioscoride demeura la principale source d’information pour tous ceux qui utilisaient des plantes à des fins thérapeutiques.

Une ronce illustrant le Dioscoride de Vienne.
C’est l’un des plus anciens exemplaires du De materia medica de Dioscoride.
Réalisé vers 512 pour une princesse byzantine,
il aurait ensuite été utilisé dans un hôpital.
Il se trouve à Vienne (Österreichische Nationalbibliothek).
{Wikimedia Commons}


La nomenclature polynominale

Puis vint l’ère des grandes explorations, aux 15e et 16e siècles, qui entraînèrent la découverte d’un grand nombre de plantes exotiques. Un problème surgit alors…

Auparavant, les groupements de plantes semblables ne comprenaient qu’un nombre restreint d’espèces. Il était par conséquent relativement aisé de distinguer ces espèces au moyen d’un seul mot. En définitive, il suffisait d’un binom (le nom de genre suivi d’un nom spécifique) pour les étiqueter.

Mais au fur et à mesure que de nouvelles espèces se manifestèrent, l’emploi de plusieurs termes devint nécessaire pour les différencier. On en arriva ainsi à une nomenclature polynominale, qui faisait appel à des noms-phrases, difficiles à manier et à retenir.

Cette nomenclature polynominale servait en réalité à remplir simultanément deux fonctions distinctes : premièrement, désigner l’espèce, et deuxièmement, la décrire.

Reconnaissez-vous la plante apparaissant sur la photo ci-dessous ? Elle fut nommée à un certain moment Plantago foliis ovato-lanceolatus pubescentibus, spica cylindrica, scapo tereti (Plantain à feuilles pubescentes, ovoïdes à lancéolées, à épi cylindrique et tige arrondie) 7

Nous la nommons aujourd’hui Plantago media (le Plantain moyen) …


Gaspard Bauhin

Gaspard Bauhin, médecin et botaniste suisse (1560-1624), fut l’un des premiers à tenter de simplifier la situation.

Bauhin fut l’un des premiers botanistes « modernes ». Il ne se contenta pas de commenter les anciens textes ; il observa lui-même plusieurs milliers d’espèces. Il essaya de les décrire le plus succinctement possible, et souvent en utilisant un seul mot. Combiné au nom du genre, on en revenait donc à une nomenclature binominale.

Caspar Bauhin (1623) : page 291 de son ouvrage le plus célèbre,
Pinax Theatri Botanici
Scan d’une copie se trouvant au Missouri Botanical Garden Library


Linné

Linné était un médecin, botaniste et zoologiste suédois (1707-1778).

Il  systématisa l’usage de deux noms (les binoms) afin de désigner les êtres vivants. Son idée géniale fut de comprendre que la fonction du nom d’une espèce était seulement de servir d’étiquette. Le nom n’avait plus besoin d’être descriptif.

Linné procéda peut-être par analogie avec la généralisation des noms de famille qui avait lieu à son époque dans les pays scandinaves. Les personnes étaient de plus en plus souvent désignées par un binom composé d’un nom de famille et d’un prénom accolé (voir le chapitre suivant).

Il décrivit son idée dans son ouvrage Systema Naturae, paru pour la première fois en 1735. Mais c’est surtout avec Species Plantarum (1753) que Linné appliqua de manière méthodique son nouveau procédé de classification.

La page de titre de Species Plantarum
Source : bibbild.abo.fi


Linné aurait dû s’appeler Nilsson

Le père de Linné ne s’appelait pas Linné mais Nils Ingemarsson, c’est-à-dire « Nils fils de Ingemar », comme c’était alors l’usage dans les pays scandinaves. Son fils, Carl, aurait par conséquent dû s’appeler Carl Nilsson.

Mais lorsque Nils voulut entrer à l’université de Lund, il fut obligé de prendre un « vrai » nom de famille. Un grand tilleul poussait dans le domaine familial. Nils adopta le nom de Linnæus en latinisant le nom de l’arbre, lind en suédois. Et nomma ensuite son fils Carl Linnæus. Ce dernier changea son nom en von Linné lors de son anoblissement 1

Carl von Linné, 1707-1778
Nationalmuseum (Stockholm) via Wikimedia commons


Plusieurs nomenclatures binominales

Au début du 19e siècle, il devint évident qu’un ensemble de règles était nécessaire pour normaliser les noms scientifiques.

En ce qui concerne les plantes, un premier pas fut l’adoption en 1867 des Lois de la nomenclature botanique lors d’un « Congrès botanique international » convoqué à Paris en 1867. Les botanistes américains, insatisfaits de ce Code de Paris, introduisirent leur propre Code, le Rochester Code, en 1892. La mésentente continua jusqu’en 1930. Cette année-là un accord fut finalement trouvé lors du Congrès de Cambridge 9

Les noms scientifiques des plantes doivent désormais respecter le International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (abrégé en ICN), traduit en français par Code international de nomenclature des algues, des champignons et des plantes (CIN).

La version actuelle du code de nomenclature pour les plantes est le code de Shenzhen adopté par le 19e Congrès botanique international qui s’est tenu à Shenzhen, en Chine, en juillet 2017.


Chaque type d’organismes vivants étudiés possède aujourd’hui sa propre nomenclature binominale.

Pour les animaux, c’est le International Code of Zoological Nomenclature (ICZN)  – Code international de nomenclature zoologique (CINZ).
Les noms des bactéries sont réglementés par le International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP) et celui des virus par le International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN). Ces derniers ne suivent cependant pas une nomenclature binominale.
N’oublions pas les plantes cultivées qui ont aussi leur  International Code for the Nomenclature of Cultivated Plants (ICNCP).

Bien que les principes généraux de ces différentes nomenclatures soient similaires, beaucoup de différences existent. Un exemple : les tautonymes sont autorisés en zoologie, mais interdits en botanique. Un tautonyme est l’emploi d’un même nom pour désigner un genre et une espèce incluse dans ce genre. Troglodytes troglodytes est le nom officiel de notre Troglodyte mignon,  mais on ne pourrait pas appeler une ronce Rubus rubus.

Un Troglodytes troglodytes


Quelle nomenclature appliquer pour les organismes ambivalents ?

Imaginez un scientifique passant une bonne partie de sa carrière à raconter à ses amis qu’il est botaniste, spécialisé dans l’étude de certaines algues, et qui apprend soudainement qu’il a été bactériologue durant toutes ces années ? Il a nommé toutes les espèces qu’il a découvertes en respectant scrupuleusement le code de nomenclature botanique, alors qu’il aurait dû suivre celui des procaryotes ?
Et le cas du zoologue qui se rend compte qu’il s’occupe en réalité de mycologie ?

Ce n’est pas de la science-fiction, mais le genre de « petits soucis » que posent certains organismes qui ne savent pas très bien qui ils sont et à quel règne ils appartiennent. Les anglophones les appellent ambiregnal, c’est-à-dire « classés dans deux règnes différents », bactéries ou algues, protozoaires ou algues, protozoaires ou champignons…

Labyrinthulomycète (selon le code botanique) ou Labyrinthulea (selon le code zoologique) ?
Ce sont des organismes marins parasitant souvent des algues,
ici sous la forme de filaments en réseau entourant une cellule végétale
© Achim Raschka via Wikimedia commons

Pour éviter ces problèmes il faudrait uniformiser la demi-douzaine de codes existants. Un projet dans ce sens existe, c’est le Biocode qui rassemble des représentants des principales nomenclatures dans le but de rapprocher progressivement les règles existantes. Il faut malheureusement reconnaître que cette initiative n’a pas suscité beaucoup d’enthousiasme parmi les zoologistes et les botanistes.


Nomenclature binominale ou binomiale ?

L’adjectif binominal est associé au substantif binom, tandis que binomial correspond à binôme.

Binom a un sens plus restreint : c’est un ensemble de deux mots, alors que binôme désigne aujourd’hui un ensemble de deux éléments, qui peuvent être des choses, des personnes, etc…

Parler de nomenclature binominale semble donc plus judicieux 2

Notons que la traduction française (non officielle, publiée par les Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève) emploie binomial.
En revanche, la version française du Code de Nomenclature zoologique utilise binom.


Les grands principes

Pour être valable, le binom d’une espèce doit avoir fait l’objet d’une publication.

Cette publication peut être un livre ou un article paru dans une revue.
À partir du 1er janvier 2012, les documents électroniques sous format PDF et accessibles sur le Web sont également considérés comme étant acceptables.


Les deux termes du binom choisi sont traités comme des mots latins, quelle que soit leur origine.

Ces mots peuvent provenir du grec ou d’une autre langue, ou encore être des noms de personne. Dans tous les cas, ils sont traités comme des mots latins et suivent par conséquent les règles de la grammaire latine.


La publication doit inclure une description (diagnose) de l’espèce.

Cette diagnose détermine les caractéristiques propres à l’espèce et doit permettre de la distinguer des espèces voisines.

Elle devait être obligatoirement rédigée en latin pour les publications réalisées après le premier janvier 1935.
Notez que le Code ne stipulait nulle part qu’une diagnose devait être rédigée en latin correct. Les erreurs sont fréquentes, et certaines sont si graves que la description est absurde 8

Mais cette obligation fut abolie par le 18e Congrès botanique international qui se tint à Melbourne en 2011 :

les diagnoses publiées après le 1er janvier 2012 peuvent désormais être rédigées en anglais, le latin étant toujours admis.

Cette décision vise à accélérer le processus de dénomination des nouvelles espèces découvertes. On craint en effet que beaucoup d’entre elles ne disparaissent avant d’être officiellement reconnues.
Or, rédiger des descriptions latines scientifiquement exactes et grammaticalement correctes était devenu une tâche lourde et longue à une époque où de moins en moins de scientifiques sont réellement à l’aise avec le latin.

Il ne faut pas se voiler la face : les diagnoses en latin étaient devenues absconses et superflues. Toutes les informations nécessaires à l’identification se trouvent mentionnées dans la publication, le plus souvent en anglais 10
Cette disposition n’existait d’ailleurs pas dans le code de nomenclature zoologique.

PS : Auribus teneo lupum signifie « je tiens le loup par les oreilles ».
Dans ce cas, j’ai deux options : soit continuer à le tenir par les oreilles, soit le lâcher et courir très vite.
Les deux pouvant se terminer par un désastre, je suis donc dans l’embarras… 

La publication doit s’appuyer sur un échantillon type.

Cet échantillon type est un spécimen qui va représenter l’espèce et est généralement conservé dans un herbier connu et est identifié par le lieu de collecte, le nom du collectionneur et  son numéro de collection.

Échantillon type de Anthonotha lamprophylla,
une Fabacée d’Afrique tropicale
© Naturalis Biodiversity Center/
Wikimedia Commons

Le type peut également être une illustration de la plante (un iconotype), mais c’est plus rare.

Durant la nuit du 1er au 2 mars 1943, des dizaines de milliers de spécimens de l’herbier du Jardin botanique de Berlin furent réduits en cendres lors d’un bombardement.
Quarante mille d’entre eux avaient heureusement été photographiés en 1929 par un Américain, et ces photographies servent depuis d’iconotypes 13.

Règle de priorité : le binom retenu est celui qui a été le plus anciennement publié de manière valable.

On ne remonte toutefois pas à Théophraste ! Le point de départ de la nomenclature botanique a été fixé au 1er mai 1753, qui correspond plus ou moins à la date de publication du Species Plantarum de Linné.

Ceci explique pourquoi le bouleau commun, qui fut longtemps nommé Betula verrucosa, a été rebaptisé en Betula pendula. Betula verrucosa avait été publié dans un livre paru en 1790, et des recherches ont montré il y a quelques années que Betula pendula était apparu pour la première fois en 1788. Exit donc Betula verrucosa ; la règle de la priorité est impitoyable 11… 

Betula pendula


Il est recommandé de faire suivre le binom par la citation de l’auteur de la publication

Cette citation n’est pas obligatoire, mais est souhaitable chaque fois que la rigueur est nécessaire, comme dans un article scientifique par exemple (nous verrons plus loin pour quelle raison). Et elle ne doit être mentionnée qu’à la première occurrence de l’espèce dans le texte.

En revanche, il vaut mieux éviter de citer l’auteur lorsqu’il s’agit de vulgarisation. La botanique est une matière suffisamment ardue pour que l’on évite de faire fuir les lecteurs dès la première page …

Idéalement, la citation de l’auteur devrait également être accompagnée par la date de publication.
Voici par exemple le nom scientifique complet de la Bourrache : Borago officinalis L., 1753.

Borago officinalis L., 1753

Le code de nomenclature botanique autorise l’abréviation du nom de l’auteur, surtout si celui-ci est très connu, bien que cela ne soit pas obligatoire. Linné est donc généralement remplacé par L., comme dans l’exemple de la Bourrache.
Les abréviations sont par contre interdites en zoologie…


Les dénominations scientifiques sont malheureusement souvent plus compliquées que le simple Borago officinalis L. !

N’entrons pas dans les arcanes de la nomenclature binominale, mais évoquons seulement deux cas très fréquents : l’emploi des parenthèses et celui de « ex ».

Commençons par expliquer la signification des parenthèses, comme chez le Fraisier des Indes : Potentilla indica (Andrews) Th.Wolf.

Potentilla indica
Ses baies sont dressées vers le ciel, contrairement à celles des Fraisiers.

Cette appellation signifie que l’espèce a été décrite et nommée pour la première fois par Andrews, et que Wolf l’a ensuite transférée dans son genre actuel.

En 1807, Andrews la trouva au Bengale et lui donna le nom de Fragaria indica. Près d’un siècle plus tard, en 1904, Franz Theodor Wolf la déplaça dans le genre Potentilla pour des motifs qui furent acceptés par ses collègues botanistes.

Le premier nom attribué est appelé basionyme, ce qui signifie « nom ayant servi de base à un autre nom ».
Dans le cas du Fraisier des Indes, Fragaria indica est donc le basionyme et Potentilla indica est le nom actuel, dit nom accepté


Qu’en est-il du ex ?

C’est la personne mentionnée après le ex qui a valablement publié le nom, en se basant sur les travaux de la première personne citée.

Prenons Echium wildpretii H. Pearson ex Hook. f. (la Vipérine de Tenerife).
Ce nom a été publié de manière correcte par Joseph Dalton Hooker  (abrégé en Hook. f.). suite à une première description réalisée par Henry Pearson.

La Vipérine de Tenerife,
Echium wildpretii H. Pearson ex Hook. f.

 

De l’importance de citer l’auteur

Vous pensez sans doute que la citation de l’auteur est un détail sans importance ?

Détrompez-vous !

Supposons que vous rencontriez dans un article la mention suivante : Polygonum cuspidatum. 

Il vous serait impossible de dire de quelle espèce il s’agit, pour la bonne et simple raison que deux réponses sont possibles !

Nous avons d’un côté Polygonum cuspidatum Willd. ex Spreng. qui est un synonyme pour Persicaria acuminata (Kunth) M. Gómez., une sorte de Persicaire.

Et de l’autre côté  Polygonum cuspidatum Siebold & Zucc., qui est un synonyme de Reynoutria japonica Houtt., la célèbre Renouée du Japon 16… 


Les noms scientifiques sont en général mis en italique.

Ceci n’est pas une règle édictée par les codes de nomenclature. Cette pratique découle en réalité de la convention typographique selon laquelle les mots étrangers doivent être italicisés.

La citation de l’auteur et la date de publication ne sont pas mises en italique.

Le nom du genre commence par une majuscule, celui de l’espèce est toujours en minuscule.

Le nom de l’espèce débute toujours par une minuscule, même lorsqu’il est dérivé d’un nom propre (de personne notamment). C’est ainsi qu’on écrit Dactylorhiza fuchsii pour l’Orchis de Fuchs, une Orchidée assez commune dans nos régions, dont les noms scientifique et vernaculaire rendent hommage au botaniste allemand du 16e siècle, Leonhart Fuchs.

L’Orchis de Fuchs (Dactylorhiza fuchsii)

Leonhart Fuchs

Il est surtout connu comme l’auteur d’un grand livre sur les plantes et leur utilisation comme médicaments (De Historia Stirpium Commentarii Insignes). Cet ouvrage contient environ 500 dessins précis et détaillés, qui ont été imprimés à partir de gravures sur bois.

Outre l’Orchis présenté ci-dessus, il est aussi honoré par le genre Fuchsia, et par la couleur du même nom.

À droite : portrait de Leonhart Fuchs (1501-1566)
© Landesmuseum Württemberg
via Wikimedia commons


Eh oui, ces contraintes typographiques ne sont pas d’application dans un titre d’article ou de livre : DACTYLHORIZA FUCHSII serait dans ce contexte tout-à-fait correct.



Sources :

1 : Blunt, Wilfrid ; Linnaeus: the compleat naturalist ; Frances Lincoln ; 2004

2 : Damien Aubert ; Doit-on parler de “ nomenclature binomiale ” ou bien de “ nomenclature binominale” ? ; La banque des mots ; 2016 ; n° 91 ; pp. 7-14

3 : C. Váczy ; Les origines et les principes du développement de la nomenclature binaire en botanique ; Taxon ; volume 20 ; n° 4 ; août 1971 ; p. 574

4 : C. Váczy ; Les origines et les principes du développement de la nomenclature binaire en botanique ; Taxon ; volume 20 ; n° 4 ; août 1971 ; p. 580

5 : C. Váczy ; Les origines et les principes du développement de la nomenclature binaire en botanique ; Taxon ; volume 20 ; n° 4 ; août 1971 ; p. 584

6 : C. Váczy ; Les origines et les principes du développement de la nomenclature binaire en botanique ; Taxon ; volume 20 ; n° 4 ; août 1971 ; p. 590

7 : Irene Lobato Vila ; Where do names of species come from ? ; All you need is Biology ; 17/9/2017

8 : Emma Short & Alex George ; A Primer of Botanical Latin with Vocabulary ; Cambridge University Press ; 2013

9 : Gurcharan Singh ; Plant Systematics: An Integrated Approach ; CRC Press ; 7 juin 2019 ; p. 123

10 : Estrela Figueiredo et al. ; Latin diagnosis: Time to let go ; Taxon ; Volume 59 ; n° 2 ; avril 2010 ; pp. 617–620

11 : Raynal-Roques, Aline ; La Botanique redécouverte ; Belin ; 1994

12 : Wright, John ; The Naming of the Shrew ; Bloomsbury Publishing ; 2014

13 : Wright, John ; The Naming of the Shrew ; Bloomsbury Publishing ; 2014

14 : J.-B. Saint-Lager ; Réforme de la Nomenclature botanique ; Société Linnéenne de Lyon ; 1880

15 : C. Váczy ; Les origines et les principes du développement de la nomenclature binaire en botanique ; Taxon ; volume 20 ; n° 4 ; août 1971 ; p. 580

16 : Catalogue of Life: 2019 Annual Checklist ; Résultats pour « Polygonum cuspidatum » ; page consultée le 31 mai 2020

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Un commentaire pour Une introduction à la nomenclature binominale

  1. Cerise dit :

    Merci pour cette magnifique synthèse très instructive et tellement bien documentée!

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