Rappelons d’abord que la classification phylogénétique a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les taxons (un taxon est un groupe d’organismes de n’importe quel rang : espèce, genre, famille, ordre etc…).
Le genre est un taxon qui se situe dans la classification entre la famille et l’espèce. Prenons par exemple les chênes : ils appartiennent à la famille des Fagacées et forment le genre Quercus. Ce genre comprend de nombreuses espèces comme le Chêne pédonculé (Quercus robur) ou le Chêne rouvre (Quercus petraea).
La classification phylogénétique n’accepte que des taxons monophylétiques. Un taxon monophylétique, appelé clade, rassemble un ancêtre et tous ses descendants.
Un exemple valant mieux qu’un long discours, regardons ci-dessous le cas d’une famille hypothétique, comprenant seulement 6 espèces.
Les liens de parenté entre les espèces actuelles, découlant d’études phylogénétiques, ont été indiquées sur le schéma.
Tentons maintenant de répartir les espèces de cette famille dans des genres monophylétiques.
Écartons d’emblée deux méthodes extrêmes :
On pourrait constituer un genre qui reprendrait toutes les espèces. La famille ne comprendrait par conséquent qu’un seul genre.
On pourrait au contraire créer 6 genres, chacun d’eux ne comportant qu’une seule espèce. Ces deux solutions sont valides mais n’apportent en fin de compte aucune information supplémentaire au sujet de l’évolution de la famille.
Première approche qui serait intéressante : on limite le nombre de genres. Dans notre exemple, on en crée 2 (voir le schéma suivant). Ces 2 genres sont bien monophylétiques : pour chacun d’eux, les espèces descendent d’un même ancêtre (coloré en vert), et le genre comprend bien tous les descendants actuels de cet ancêtre.
C’est la méthode n° 1, dénommée intégration. Elle permet d’éviter la prolifération du nombre de genres. Par contre, elle ne donne pas une image fidèle des liens de parenté. Les espèces A, B, C et D sont placées dans le même genre, mais nous constatons que A et B sont plus proches du point de vue de l’évolution qu’elles ne le sont de C ou de D.
La méthode n° 2, appelée désintégration, résout ce problème en augmentant toutefois le nombre de genres (3 au lieu de 2).
Les genres créés sont bien monophylétiques et ils traduisent mieux l’écart évolutif existant aujourd’hui entre les espèces.
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« La Taxonomie, hier et aujourd’hui« .
La Gazette des Plantes 