La taxonomie, hier et aujourd’hui

La taxonomie est la discipline qui a pour objet de classer les organismes vivants en ensembles, tels que les familles, les genres et les espèces. Ces ensembles sont appelés taxons.
Taxonomie (ou taxinomie) vient du grec taxis « classement », et de nomos « loi ».

Rappelons premièrement que la taxonomie ne sert pas qu’à classer les êtres vivants, mais également à les nommer. Comme nous l’avons déjà vu dans un billet précédent (Une introduction à la nomenclature binominale), le nom scientifique est en effet composé du nom du genre, suivi d’une épithète.

Auparavant, on regroupait les plantes en familles, genres, espèces, etc. sur la base de critères morphologiques.
On se basait sur les ressemblances dans la forme des organes : la tige, les feuilles, les fleurs, les fruits, les racines, etc. pour en déduire des relations de parenté.

Une tige carrée, des feuilles opposées et décussées, une corolle à deux lèvres, et il y avait de bonnes chances que l’on soit en face d’une Lamiacée (photo ci-contre) …

C’était avant la découverte de l’ADN, avant le début des analyses génétiques. Désormais, la taxonomie moderne prend en compte non seulement les similitudes entre les caractères visibles, mais aussi et surtout entre des séquences d’ADN et d’ARN, des protéines etc., afin de trouver le degré de parenté entre les espèces.

Ces degrés de parenté sont fréquemment visualisés au moyen d’arbres phylogénétiques, comme celui représenté ci-dessous.

Un arbre phylogénétique ressemble à un arbre généalogique. Les rectangles figurent des groupes d’espèces, des taxons. Selon le cas étudié, ce pourraient être des familles, des genres, etc.

Chacun des nœuds de l’arbre (en gris) représente l’ancêtre commun des rectangles mis en-dessous. Au plus les rectangles sont proches, au plus les espèces incluses sont proches dans l’évolution.

Il y a cependant une différence de taille avec un arbre généalogique : tous les rectangles, y compris ceux placés en haut du schéma, symbolisent un groupe d’espèces vivant actuellement.

Dans les articles scientifiques, les spécialistes utilisent d’ailleurs de préférence une autre représentation, plus correcte visuellement, plus aisée à intégrer dans une revue, mais moins facile à déchiffrer :

Terminons cet exposé en rappelant un grand principe de la taxonomie d’aujourd’hui :

les taxonomistes essaient désormais que chaque taxon (famille, tribu, genre, etc.) soit monophylétique.

Sur le schéma suivant, l’ensemble regroupant les taxons coloriés en vert est bien monophylétique : il comprend un ancêtre commun et tous ses descendants.

En revanche l’ensemble colorié en vert dans l’arbre ci-dessous n’est pas monophylétique. L’ancêtre commun de cet ensemble a parmi ses descendants les espèces incluses dans le rectangle rouge. L’ensemble vert est dit paraphylétique.

Encore un dernier point très important : tous les taxons (classes, familles, genres etc…) sont des concepts humains, et par conséquent, arbitraires. Certes, ils apparaissent, à une époque donnée, scientifiquement pertinents en fonction des connaissances du moment, mais comme ces connaissances changent, les concepts évoluent également.
Le seul taxon plus ou moins stable est celui de l’espèce, et encore, cela se discute !

Lisez aussi :
« Classification phylogénétique« .