L’auto-incompatibilité est une autre solution dont disposent les plantes pour éviter l’autofécondation.
Dans ce cas, lorsque du pollen se dépose sur un stigmate d’un individu, celui-ci fait le tri entre le pollen provenant d’un autre plant et son propre pollen. Ce dernier n’entraînera pas le développement d’une graine.
Selon les espèces, l’inhibition peut survenir (voir photo ci-dessous) :
– soit dès l’arrivée du grain de pollen sur le stigmate (cas des Astéracées et des Brassicacées),
– soit dans le style (le tube pollinique ne parvient pas à atteindre l’ovaire),
– ou encore dans l’ovaire (la fusion des cellules reproductrices mâles (gamètes mâles) et femelle (oosphère) avorte).

Schéma simplifié de la fécondation : le grain de pollen arrive sur le stigmate; il perce un tube pollinique à travers le style jusqu’à l’ovule; une cellule reproductrice mâle (gamète mâle) fusionne avec la cellule femelle (oosphère)
Cette inhibition résulte de la présence de gènes, appelés gènes d’incompatibilité, qui existent sous plusieurs versions (appelés allèles). Lorsque le pollen d’une part, et le pistil (le stigmate ou le style) d’autre part, possèdent un allèle identique, le processus de fécondation se bloque.
La moitié des Angiospermes environ est auto-incompatible. Par conséquent, la moitié est auto-compatible 1. En effet, des mutations des gènes entraînent parfois la perte de l’auto-incompatibilité, et cette perte peut s’avérer avantageuse dans certaines conditions environnementales, notamment lorsque les insectes pollinisateurs déclinent ou que leurs services ne sont pas certains.
Les espèces qui peuvent s’autoféconder ne sont donc pas rares : citons des Rosacées (Rosier des chiens, Benoîte commune, Reine-des-prés etc.), des graminées (blé, orge etc.), des Solanacées (tomates etc), quelques Orchidées, les Fabacées (Pois de senteur etc)…